Zakład powstał w roku 1953 w wyniku przekształcenia gospodarstw rybackich Polskiej Akademii Umiejętności w placówkę badawczo-produkcyjną Polskiej Akademii Nauk. Początkowo placówka ta stanowiła bazę terenową dla Zakładu Biologii Wód PAN w Krakowie, a prowadzone prace miały charakter opisowy. W miarę tworzenia w Zakładzie bazy naukowej i zespołu badawczego zdolnego do samodzielnego prowadzenia badań zaczęły dominować prace o charakterze eksperymentalnym. Generalnym założeniem było ich kompleksowe prowadzenie, aby wyniki posiadały zarówno walory poznawcze jak i aplikacyjne W pierwszych latach działalność badawcza Zakładu ukierunkowana była na poznanie zespołów hydrobiontów oraz procesów fizyko-chemicznych i przebiegu krążenia materii w stawach. Zakład Ichtiobiologii i Gospodarki Rybackiej Gołysz uzyskał z dniem 1 lipca 1992 roku status placówki naukowej Polskiej Akademii Nauk. Został utworzony na bazie Działu Naukowego Zakładu Doświadczalnego Ichtiobiologii i Gospodarki Stawowej PAN Gołysz.
Zasadniczymi kierunkami obecnych badań są prace zmierzające do poznania biologicznych podstaw chowu ryb, funkcjonowania i modelowania produktywności ekosystemów stawowych, opracowania intensywnych metod chowu w stawach i w warunkach kontrolowanych, introdukcji nowych gatunków ryb, optymalizacji powiązań gospodarki rybackiej z gospodarką wodną poszerzoną o ocenę potencjalnego zagrożenia stawów substancjami toksycznymi i biogenami zawartymi w wodzie zasilającej stawy.
Dobrze rozwinięta baza naukowa obejmuje 37 pomieszczeń laboratoryjnych, bibliotekę z czytelnią, salę konferencyjną oraz ośrodek do chowu ryb w warunkach kontrolowanych, wytwórnię pasz granulowanych, 3 sale akwaryjne, 115 stawów doświadczalnych i selekcyjnych o powierzchni 48 ha, zaplecze magazynowe oraz mieszkania dla 17 pracowników. Baza naukowa Zakładu służyć może również pracownikom z innych placówek do badań z zakresu biologii i hydrobiologii ekosystemów stawowych, pobliskich rzek i zbiorników zaporowych. Zakład jest przygotowany do pełnienia funkcji ośrodka konferencyjnego oraz do prowadzenia praktyk wakacyjnych, semestralnych i dyplomowych dla studentów wydziałów biologii i rybactwa wyższych uczelni.
Zakład posiada niezbędne wyposażenie do prowadzenia badań podstawowych parametrów fizyko-chemicznych wody, pasz, mięsa ryb, elektroforezy białek, badań DNA oraz mikroskopy, wagi laboratoryjne i sprzęt komputerowy. Księgozbiór Zakładu liczy ponad 15 000 pozycji w prenumeracie jest około 50 czasopism.
Zakład dysponuje 18 krajowymi i zagranicznymi liniami karpia o wysokim stopniu zinbredowania oraz szeregiem krzyżówek heterozygotycznych, stadem matecznym tołpygi pstrej i białej, amura, suma europejskiego i afrykańskiego, tilapii, buffalo oraz ryb ozdobnych.