Problematyka naukowa realizowana w Zakładzie dotyczy następujących zagadnień:

1. Wybrane aspekty genetyki i hodowli ryb.
2. Optymalizacja i biologiczne podstawy technologii chowu ryb ciepłolubnych.
3. Ekologiczne aspekty interakcji pomiędzy kompleksami stawowymi a gospodarką wodną zlewni.
   
4. Modelowanie biotechniki i warunków środowiskowych chowu karpia w stawach.

Zakład Ichtiobiologii i Gospodarki Rybackiej przy wsparciu środkami Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi utrzymuje krajowe rezerwy genetyczne karpia w postaci kilkunastu linii hodowlanych tego gatunku ryb użytkowych. Tarlaki pochodzące z tych linii, w odpowiednio dobranych kompletach zapewniających uzyskanie materiały obsadowego o korzystnych cechach użytkowych, udostępniane są corocznie producentom karpia.
Zakład realizuje również program ochrony zasobów genetycznych karpia pilotowany przez Centralną Stację Hodowli Zwierząt

Spośród opracowanych w Zakładzie zagadnień szczególne znaczenie posiada:

• Określenie składu gatunkowego zespołów roślinnych i zwierzęcych zasiedlających stawy
• Poznanie przebiegu przemiany materii ekosystemów stawowych, procesów chemicznych i biologicznych w zależności od poziomu produkcji rybackiej
• Poznanie środowiska fizycznego stawów, jego uwarunkowań i oddziaływania na ekosystemy stawowe
• Opracowanie modelu wzrostu produkcji i przeżywalności karpia
• Opracowanie reguł i metod nawożenia mineralnego stawów
• Ustalenie możliwości oczyszczana ścieków cukrowniczych poprzez wykorzystanie ich do użyźniania stawów
• Opracowanie biotechniki intensywnego chowu karpia towarowego oraz jedno i dwuletniego materiału obsadowego
• Opracowanie technologii wytwarzania pełnowartościowych pasz stabilizowanych dla ryb różnych gatunków i klas wiekowych
• Opracowanie techniki kierowanego rozrodu karpi i ryb roślinożernych oraz energooszczędnego podchowu ich wylęgu w warunkach kontrolowanych
• Opracowanie dostosowanej do krajowych możliwości biotechniki chowu ryb ciepłolubnych - suma afrykańskiego i tilapii nilowej
• Uzyskanie homozygotycznych linii karpia polskiego o ustalonych cechach genetycznych i użytkowych oraz utworzenie złożonego z 18 krajowych i zagranicznych linii hodowlanych stada matecznego stanowiącego podstawę do towarowych krzyżowań heterozygotycznych
• Ustalenie metodyki kompleksowej charakterystyki genetycznej i użytkowej posiadanych linii czystych i ich krzyżówek
• Opracowanie metod przeciwdziałania nadmiernej eutrofizacji ekosystemów stawowych